C.E.70･･･。｢血のバレンタイン｣の悲劇によって本格的な武力衝突へと発展したザフト･地球連合の戦いは熾烈を極め、多大な犠牲を払いながら第2次ヤキン･ドゥーエ攻防戦ののちに停戦条約が締結された。
しかしこの停戦条約によってナチュラルとコーディネイターの争いの火種が消えたわけではなかった。
その戦乱の中、シン･アスカは地球連合軍のオーブ侵攻に巻き込まれ、戦火を逃れる最中に眼前で両親と妹を失う。唯一の形見、妹の携帯電話を握り締め悲しみにくれる中、頭上をこの戦争の元凶である「モビルスーツガンダム」が飛び去っていく。失意のうちにオーブを去った彼は、プラントへと渡る。
そして、C.E.73 彼はザフトの戦士となっていた･･･。